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닥터X의 야망을 저지하고 다시 평화로운 나날을 보내고 있는 나찬과 친구들.

곧 다가올 반다인의 생일을 앞두고 깜짝 파티 준비로 바쁜 친구들의 앞에 다비와 다나가 나타난다.
프랭클린 박사가 부른다는 말에 나찬과 이소벨, 그리고 때마침 나타난 반다인은 함께 트라이포스로 향하고 박사로부터 연구소에서 탄생한 새로운 메카니멀들이 도망쳤다는 이야기와 함께 이 메카니멀들을 찾아내 테이밍한 후 직접 교육을 해 달라는 부탁을 받는다.

늘 함께 다니지만 계속 티격태격 다투는 '윙나이트'와 '윙레오', 360도 회전하는 상반신처럼 주의가 산만하고 조금도 가만히 있지 못 하는 '하이테로', 호전적인 성격의 말썽쟁이 발사체인 '사성수'와 이를 이끄는 '마스터'.

찬과 이소벨, 반다인은 각자 메카니멀 레이더로 메카니멀을 추적해 테이밍한다.
개성도 넘치고 기운도 넘치는 메카니멀들을 보며 갈 길이 멀다고 느끼는 나찬과 이소벨.
그런데 시간이 지나도 반다인이 돌아오지 않자 찬과 이소벨은 반다인을 찾으러 나서고, 다시 만난 반다인은 험악한 표정으로 나찬에게 갑작스러운 메카니멀 배틀을 신청하는데...

세로운 메카니멀 마스터와 사성수, 그리고 무언가 비밀을 안고 있는 듯한 반다인과의 배틀이 시작된다.